一部分的四魂之玉來到了現代，名偵探柯南（工藤新一）等與犬夜叉等結伴，一起開始了尋找四魂之玉之旅。
這時，卻出現了假的四魂之玉，也能汙染人的靈魂，連戈薇都不能分辨真假。但假的四魂之玉在殺生丸的天生牙的一揮之下，便化作白沫。
奈落研製出了一種叫“墳因”的粉狀藥，將它們灑在真假四魂之玉之上，這樣的四魂藏在人體內是戈薇看不見的，但唯一的壞處是，體內藏有四魂之玉的人做了壞事後，就會在“現場”留下能被戈薇及犬夜叉感應到的四魂之玉的味道。
所以，柯南就出動了！只有找出兇手，才能找到藏在其體內的四魂之玉。
最後，很意外的發現，“墳因”的成分竟然與APTX4869(使柯南變小的藥)的成分完全一樣！神樂也因而身體變小。
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一句話簡介：柯南與犬夜叉的同人